个人简介
北京大学生物医学前沿创新中心副主任、教授,北京未来基因诊断高精尖创新中心研究员,北大-清华生命科学联合中心研究员,国家优秀青年科学基金获得者,国家杰出青年科学基金获得者。
2003 年本科毕业于北京大学物理系,2008 年获英国牛津大学生物物理博士学位。2011 年全职回国之后,白凡实验室致力于创新和应用单细胞技术,探索生物医学前沿交叉领域:(1)在癌症病人外周血循环肿瘤细胞(CTCs)研究上取得重大突破,在世界范围第一个报道单个 CTC 的全基因组测序结果(PNAS, 2013; Genome Research, 2017; CCR, 2019),推进 CTCs 作为肿瘤无创诊断标志物的临床应用;(2)发展激光显微切割结合微量细胞测序技术,实现石蜡病理切片下特殊形态区域的精确分离和低起始量的外显子测序。深入研究了肝癌的各种肝内转移病灶的异质性(Gastroenterology, 2016; Cancer Cell, 2019)。首次发现形态正常尿路上皮组织存在大量突变和克隆扩增(Science, 2020),发现人体正常组织体细胞突变的组织器官分布规律和特异性(Nature, 2021);(3)应用单细胞转录组测序及免疫分型技术,发现鼻咽癌肿瘤细胞的“上皮-免疫”双重特性(Cell Research, 2020),揭示了儿童炎症性肠病的关键致病机制和治疗靶标(Cell, 2019),儿童胆道闭锁的关键致病机制和治疗方法(Cell, 2020);(4)结合单细菌荧光成像和测序技术,深入探究了细菌耐药性产生的分子机制(Molecular Cell, 2016; Molecular Cell , 2019)。
白凡实验室将综合利用单分子荧光显微成像技术、单细胞基因测序技术,研究与医学临床直接相关的前沿课题,包括:(1)单细胞基因测序技术应用于癌症病人外周血循环肿瘤细胞研究,探索癌症转移的分子生物学机制及无创癌症诊断、预后判断、疗效评价的临床方法;(2)大样本基因测序研究中国人群高发癌症的基因突变特征,发掘引起癌症表型转化、转移的关键驱动事件;(3)研究细菌行为、致病性,抗生素杀菌原理和细菌抗药、耐药的分子机制。
代表性论文
- Li F#, Xing X#, Jin Q#, ……, Yu C*, Chen L*, Bai F*, Gao D*, Sex differences orchestrated by androgens at single-cell resolution, Nature 629 (2024), 193-200
- Chen L#, Zhang C#, Xue R#, ……, Wu L*, Rozen SG*, Bai F*, Wang H*, Deep whole genome analysis of 494 hepatocellular carcinomas, Nature 624 (2024), 586-593
- Li R#, Di L#, Li J#, Fan W#, etc., Lin D*, Huang Y*, Wang J*, Bai F*, Wu C*, A body map of somatic mutagenesis in morphologically normal human tissues, Nature 597 (2021), 398-403
- Wang J#, Xu Y#, Chen Z#, Liang J#, Lin Z#, Liang H#, ……, Bai F*, Xia H*, Wen Z*, Zhang Y*, Liver immune profiling reveals pathogenesis and therapeutics for biliary atresia, Cell 183 (2020), pp. 1867-1883
- Li R#, Du Y#, Chen Z#, Xu D#, Lin T#, Jin S, Wang G, Liu Z, Lu M, Chen X, Xu T*, Bai F*, Macroscopic somatic clonal expansion in morphologically normal human urothelium, Science 370 (2020), pp. 82-89
- Jin S#, Li R#, Chen M#, Yu C#, Tang L#, …….., Mai H, Gewurz B, Zhao B, Young L, Zhong Q*, Bai F*, Zeng M*, Single-cell transcriptomic analysis defines the interplay between tumor cells, viral infection, and the microenvironment in nasopharyngeal carcinoma, Cell Research 30 (2020), pp. 950-965
- Zhang J#, Wang X#, Xing X#, Xu Z#, ……., Zhang Y, Zumla A, Maeurer M, Bai F*, Wang F*, Single-cell landscape of immunological responses in patients with COVID-19, Nature Immunology 21 (2020), pp. 1107-1118
- Zhang C#, Zhang L#, Xu T#, Xue R#, Yu L#, Zhu Y, Wu Y, Zhang Q, Li D, Shen S, Tan D, Bai F*, Zhang H*, Mapping the spreading routes of lymphatic metastases in human colorectal cancer, Nature Communications 11 (2020), 1993
- Wang X#, Lu Y#, Song Y#, Dong J#, Li R, Wang G, Wang X, Zhang S, Dong Z, Lu M, Wang S, Ge L, Luo G, Ma R, Rozen S, Bai F*, Wu D*, Ma L*, Integrative genomic study of Chinese clear cell renal cell carcinoma reveals features associated with thrombus, Nature Communications 11 (2020), 739
- Huang B#, Chen Z#, Geng L#, Wang J#, Liang H#, ......, Gong S*, Bai F*, Yang M*, Zhang Y*, Mucosal profiling of pediatric-onset colitis and IBD reveals common pathogenics and therapeutic pathways, Cell 179 (2019), pp. 1160-1176